Discurrían por las actuales calles Vía Complutense (antigua N-II), Azucena, Giner de los Ríos, Basilios, Travesía San Julián, Ronda de la Pescadería, Paseo de los Curas y Andrés Saborit.
Prácticamente desaparecidas. Tan solo queda el tramo Oeste, el que encerraba el Palacio Arzobispal., adosado a la cerca en este punto.
Puerta de San Bernardo, al Norte del recinto y junto al monasterio de Bernardos. Fue abierta cuando se cegó la histórica Puerta de Burgos.
Podríamos reducir el recinto a un gran rectángulo con los lados curvados. El tramo conservado junto al Palacio Arzobispal es representativo de la morfología del resto de la cerca, que tuvo antemuro y foso, inundable en ocasiones. Tenía un grosor de 1’8 m. con una altura del muro de 7 m. alcanzando las torres los 11 m. de altura. Originariamente la villa contó con cuatro puertas principales (Puerta de Madrid, de Burgos, de Guadalajara y del Vado) y otras tres secundarias (Santa Ana, Fernán Falcón y Judería). Las puertas principales se situaban al final de los dos ejes de la ciudad. Al final de las calles Felipe Neri y Empecinado, de Norte a Sur; y Cardenal Cisneros y Mayor, de Oeste a Este. Tras la ampliación del recinto por Carrillo, las Puertas de Burgos y de Madrid no sufrieron modificación alguna. Las del Vado, Guadalajara y Santa Ana, conservaron sus nombres, pero se trasladaron a su nueva prolongación. Y se abrieron tres nuevas puertas (Santiago, San Julián y Nueva). Esta situación permaneció sin cambios hasta su derribo. Son fruto de innumerables reparaciones y reformas, pues los muros originales, conservados en parte, eran de tapial. A ellos se adosaron posteriores construcciones de ladrillo y mampostería. Puede apreciarse en diversas torres entradas cegadas que comunicaban con los adarves de las murallas primitivas.
Puerta de Madrid. Fue un torreón con matacán y saeteras, que en 1763 ya estaba en estado ruinoso. La puerta solo tenía 10 pies de anchura (2’80 m), paso insuficiente para un carruaje. La actual construcción sustituyó a la puerta medieval en 1778 por mandato del cardenal Lorenzana, bajo las órdenes del arquitecto Antonio Juana Jordán. Se sitúa cerca de la Plaza de los Santos Niños, plaza muy visitada donde se encuentra también la Magistral. Tiene cierta semejanza con la puerta de Alcalá de Madrid. Como dato curioso, cabe mencionar que el monumento aparece en la película Espartaco (1960) de Stanley Kubrick, al igual que el recinto amurallado y todo el entorno de la calle Andrés Saborit.
Puerta de Madrid.
En el año 1118 el Arzobispo de Toledo, conquistó Alcalá a los musulmanes. La muralla fue construida entre los siglos XII y XIII. Tras la conquista, la villa conoció una etapa de prosperidad económica, gracias a los privilegios para hacer ferias de ganado que concedieron los reyes Alfonso VIII y Alfonso X. La cerca medieval fue modificada en el episcopado de Carrillo, el cual, en 1454, amplió el recinto amurallado para englobar dentro del mismo el gran número de edificios que se habían construído extramuros. El antiguo recinto contaba en su interior, a modo de alcázar, con otra muralla que cercaba el palacio de los Arzobispos y que no sufrió modificación alguna con la ampliación de Carrillo, siendo el único resto subsistente en la actualidad de las murallas. El recinto amurallado fue demolido en el siglo XIX, salvándose tan sólo la zona del recinto correspondiente al palacio arzobispal y algunos restos dispersos.
Imagen tomada en 1860. A la derecha del colegio de los Basilios, se ve la Puerta de Aguadores.
Puerta de los Mártires: levantada por el arzobispo Carrillo al final de la c/Libreros, como prolongación de la Puerta de Guadalajara. Inicialmente heredó este nombre pero, con motivo de la vuelta de las reliquias de los Santos Niños y que su entrada fuera realizada por la misma, descansando incluso en sus dependencias hasta que se organizó una procesión de bienvenida, fue rebautizada con el nombre de Puerta de los Mártires. Todavía la plaza que existe en su lugar es conocida con este nombre. A partir de este momento se convirtió en la puerta principal de la villa, siendo por ella por donde tenían que entrar los reyes en sus visitas, así como los arzobispos de Toledo, a pesar del rodeo que debían de dar. No hay descripciones sobre su arquitectura, aunque suelen coincidir en que era fea y de poca entidad para su importancia. Fue muy similar a la Puerta de Madrid, es decir, un torreón en cuya planta baja se abría un arco de medio punto cuya anchura no sobrepasaba los tres metros. Contaba con dos plantas más y una terraza almenada. En 1852 el alcalde Francisco Crespo inició los trámites para su derribo, que tuvo lugar al año siguiente. Se proyectó levantar una nueva puerta con un gran arco central para carruajes y dos vanos laterales para los peatones, pero no llegó a realizarse.
Lugar donde estuvo la Puerta de los Mártires, al final de la calle Libreros.