El palacio y las murallas de su recinto se encuentran entre la antigua carretera N-II de Madrid a Barcelona y en la c/ Cardenal Sandoval, en el ángulo Noroeste de la cerca.
Impecable su estado. Tanto el edifico del palacio como la cerca han sido restaurados con acierto.
Vista aérea. En la esquina inferior derecha se aprecia el palacio. La amplia explanada central es la llamada Huerta del Obispo, lugar de culto y recreo de la antigua corte episcopal. Se encuentra rodeada al completo por la muralla.
El palacio tenía forma cuadrangular, con torres en sus esquinas, pero actualmente ha quedado reducido a tan solo dos de sus alas. De este suntuoso palacio hoy en día sólo nos ha llegado su fachada renacentista, de la que sobresale un escudo barroco borbónico del Cardenal Infante. En su interior destaca la galería del sótano, la sala de los Obispos Complutenses y la flamante escalera imperial que conduce a la planta superior, donde se encuentra la Capilla de la Inmaculada. La torre oriental, llamada Torreón de Tenorio, destaca por encima de todas. Fue levantada por el arzobispo de Toledo, don Pedro Tenorio, decorándola con tres escudos con sus armas. Tiene tres pisos y consta de un claro añadido neo-mudéjar en la parte superior de ladrillos, al igual que sus bellas ventanas de herradura. Tres balcones amatacanados, dos en los ángulos y uno en el centro destacan en la última planta de la torre. Los elementos defensivos, como las saeteras de la planta baja o las almenas que la coronan no rompen su belleza palaciega. En su frente hay restos de dos lápidas con inscripciones romanas, materiales reutilizados de la antigua ciudad de Complutum. También aparecen grabadas las marcas de los canteros en diferentes sillares.
Parejo al torreón de Tenorio, en el otro extremo, se alza otro torreón totalmente reformado. En uno de sus frentes se ve una lápida romana con la inscripción íntegra y en su cara Este una losa sepulcral medieval con dos cruces de la orden portuguesa de San Benito de Avis. Este torreón comunicaba con la parte más antigua del palacio, donde se levantó en el XVI el patio y la escalera. Y era desde donde se iniciaba la cerca del palacio.
Las murallas del palacio son iguales a las de la cerca urbana: con una base de mampostería o tapial con aristas reforzadas con sillares entre dos bandas de ladrillos, vanos cuadrados y las esquinas reforzadas con el mismo material. Este estilo es conocido como “alcalaíno”. Los elementos que se conservan no son anteriores al siglo XIV. Solo la torre semicilíndrica que flanquea el lateral occidental de la cerca podría estar aprovechando la base de una torre anterior. Las torres y muros han sufrido varias reconstrucciones desde el siglo XVII hasta nuestros días. Las torres no pueden fecharse antes del siglo XIV y ninguno de los paños conservados son originales. Se conservan 19 torres, separadas entre sí unos 30-40 metros y tiene casi 1.200 m. de perímetro. Las torres del recinto fortificado, algo más de cuatro metros por encima del muro, están perforadas por un arco de descarga. En algunos casos bajo este arco hay una puerta de acceso a la cámara inferior. Por encima, el adarve cruza las torres por su lado posterior dando paso, por un pasillo de bovedillas por aproximación de hiladas en arco de medio punto, a dos cámaras de guardia superpuestas. En cada una de sus tres caras se abren saeteras abocinadas.
El lienzo más largo está al Norte, y va del Arco o Puerta de San Bernardo a la torre pentagonal, contabilizando un total de 6 torreones cuadrangulares intermedios.
Torre I. Esta torre alberga en su parte interior la Puerta de Burgos.
Torre II
Torre III
Torre V
Torre IV
Torre VI
Torre VII. Situada en el ángulo Noroeste, es la única de planta pentagonal, pero solo queda su base.
El segundo tramo es el lienzo Oeste, y va de la torre pentagonal angular, a la Puerta de Madrid. Consta de cuatro torres.
Torre VIII. Esta es la única de planta semicircular, posiblemente reutilizada de la cerca del siglo XII.
Torre IX
Torre X
Torre XI
Torre XII. Situada en el ángulo Suroeste.
Torre XIII
Esta es una puerta de las que se han conservado desde el siglo XIV. Daba acceso desde la villa al interior del recinto amurallado del antiguo alcázar de los arzobispos. Se corresponde con la obra original proyectada por el arzobispo Pedro Tenorio. Precisamente es suya la obra de todo el lienzo Sur que lo separaba de la villa. Con la pérdida de su uso militar, la puerta fue tapiada, perdiendo en el siglo XIX su uso. En el 2008 se iniciaron las obras de excavación. Y por último, en el 2009 se procedió a su recuperación como lugar de acceso al conjunto amurallado. Presenta un hermoso arco apuntado protegido por un matacán y saeteras en la planta superior. Al piso superior se accede por un estrecho vano desde el adarve.
Torre XIV
Torre XV
Torre XVI
Su origen se remonta al siglo XII, cuando unas casas arzobispales se transformaron, debido a las amenazantes campañas almohades de Yaqub al-Mansur, en un alcázar, a instancias del poderoso arzobispo de Toledo, Rodrigo Jiménez de Rada. Hacia 1253 ya existía un pequeño recinto fortificado que protegía el edificio. Entre los siglos XII y XIII se comenzó la construcción de un nuevo recinto amurallado, que llegó a tener 22 torres en el siglo XIV (hoy se conservan 16), en torno al palacio. A finales del siglo XIV el arzobispo Pedro Tenorio reforzó la obra añadiéndole torres, fosos y nuevas dependencias. En ese mismo siglo Carrillo ampliará el recinto construyendo las torres ahora existentes. En este Palacio-fortaleza se celebró la primera entrevista entre la reina Isabel I de Castilla con Cristóbal Colón para financiar el viaje a las Indias. En él nació la reina inglesa Catalina de Aragón y el emperador Fernando de Austria. Se engrandeció en el siglo XVI, especialmente durante las prelaturas de Fonseca y Tavera llegando a ser uno de los palacios más suntuosos de España. A finales del siglo XVIII, debido a una serie de obras para albergar a sacerdotes franceses huídos de la Revolución, la muralla del palacio se transformó en una simple cerca, desmantelándose sus torres. Fue sucesivas veces residencia real y lugar de celebraciones de Concilios y Cortes, hasta que gran parte de él desapareció pasto de las llamas en 1939. Hasta 1939 fue Archivo General del Reino, como continuación de los depósitos de Simancas. Actualmente es la sede de la Diócesis de Alcalá de Henares, y forma parte del conjunto monumental declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.