El gran santuario de Loyola se construyó rodeando esta casa, que ha quedado englobada en todos sus frentes sin poder verse desde el exterior. Era conocida en su momento como Casa torre de los Loyola. En ella nació, en el seno de una belicosa familia, San Ignacio de Loyola, fundador de los jesuitas.
Aunque bastante transformada se encuentra en un estado estupendo y musealizada, conservándose reliquias y recuerdos de la familia.
Al haber quedado encerrada la casa entre los muros del santuario, solo son visibles los lados Noroeste y Noreste.
Fachada principal de la torre, al Noreste.
Interior de la planta baja.
La casa tiene planta cuadrada (16 m de lado) y sus paredes tienen un grosor de 1’90 m. Los dos primeros pisos están construídos con sillares, mientras que el resto está construido con ladrillo (40 cm de grosor). La planta baja cuenta con siete aspilleras-troneras, muy alargadas, con un pequeño hueco circular para artillería de pequeño calibre y cuentan con un gran derrame interior. Impresionan sus cuatro recios pilares centrales de madera calzados en piedra, y su rudo pavimento de losas y guijarros, que nos recuerda la época medieval y feudal de la familia de Loyola.
El primer piso estaba dedicado a la cocina y a las habitaciones de la servidumbre. En la vieja cocina, amos y criados convivían en torno al fuego del hogar. Aquí existen cuatro ventanas con cuatro pequeñas troneras.
El segundo piso pertenece ya a la parte de la reconstruida en ladrillo por el abuelo de Iñigo en 1460. Era la planta noble de la casa, en la que se hallaban las estancias del Señor y la Señora de Oñaz y Loyola y las habitaciones de representación: el Oratorio de la Casa, el comedor, y el Salón de Honor destinado a recibir a los huéspedes principales en las grandes ocasiones.
El tercer piso alberga la Capilla de la Conversión, esa habitación en la que Ignacio fue operado repetidas veces y en la que estuvo a punto de morir. En ella se llevó a cabo su transformación de soldado a servidor de Dios.
Una de las cuatro ventanas del primer piso, con la pequeña tronera.
Fue una de las principales casas del bando de Oñaz. Según los expertos, los orígenes de esta edificación se remontan al siglo XIV, cuando Beltrán Yáñez de Loyola mandó construir esta edificación. En el año 1456 el abuelo de San Ignacio, Juan Pérez de Loyola fue desterrado a Andalucía (Jimena de la Frontera) y con ello la casa torre fue desmochada, por orden de Enrique IV, perdiendo así su función militar. En 1461 la torre fue reconstruida pero nada tenía que ver con la original. En esta ocasión se construyó con ladrillo y con una altura mucho más baja que la original.