Situada en el llamado Puerto de los Alfaques, al Sur de la playa del delta del Ebro, sobre una pequeña isla a 100 metros de la costa. Cuando se construyó se hizo sobre tierra firme pero el paso de los siglos y la dinámica del litoral, la convirtieron en una isla. En uno de los lugares más bellos de la geografía española. Se puede llegar hasta sus inmediaciones por un paseo peatonal, y hasta la torre por dentro del agua pues la profundidad es escasa.
Sólo queda la parte inferior y maciza de la torre, muy maltrecha. Fue volada durante la Guerra del Francés. Sin perspectivas de reparar y algunos sectores en claro riesgo de derrumbe.
Torre fuerte de vigía costera de planta cuadrada (15’5 m), con base ataludada y altura desconocida. Se sabe que tuvo una planta usada como cuartel de tropa (tuvo una guarnición de 10 soldados, un gobernador y un capellán) y una terraza a modo de batería para la artillería, sobre una base maciza que es lo único que ha quedado. Su fábrica es la mampostería con buenos sillares bien escuadrados en esquinas y contorno de los vanos.
La torre está separada de la costa por 100 m. de agua.
Aunque pertenece al municipio de Amposta, históricamente siempre ha estado muy ligada a San Carlos de la Rápita. Fue construída en 1576 por orden de Felipe II con el objeto de defender el Puerto de los Alfaques de los piratas berberiscos. El proyecto era construir cuatro torres similares pero solo se construyeron dos, ésta, y la Torre del Codoñol, desaparecida actualmente. Intervino activamente durante la Guerra de los Segadores (1640-1652) y luego durante la Guerra del Francés, cuando fue volada. Se desconoce si la explosionaron los franceses en su retirada o si fue bombardeada por la escuadra británica. En 1938 sirvió de refugio a algunas familias de San Carlos de la Rápita ante el avance del frente en la Guerra Civil. En la década de los años 50 del siglo XX fue desmantelada para utilizar sus sillares en la construcción del Poble Nou del Delta.
Plano de 1749 en el que aparece la torre de San Juan y otras torres construídas o proyectadas en el entorno del Delta del Ebro.
