En la colina donde se levanta la iglesia, en lugar de gran visibilidad y dominio del territorio, idóneo para buena defensa.
Desaparecido. Es muy probable que en la iglesia quede algún resto oculto. Algunos autores afirman que el campanario se ha situado en una antigua torre del alcázar musulmán.
Es indudable la existencia de una fortaleza en este lugar, pero en superficie, y a simple vista, no queda rastro. Posiblemente, realizando alguna excavación salieran a la luz, restos importantes. Y que para la construcción de la iglesia se reutilizaran materiales o muros, también es muy probable.
Se halla datada la existencia de un alcázar árabe en el siglo IX en este lugar. Dicho alcázar constituía parte del sistema defensivo del territorio pasando a formar parte administrativa de la Cora de Santaveria o Santaver, al igual que Huete, ciudad a la que estuvo muy ligado. Tras ser conquistado Huete poco después de la caída de Toledo en 1085, en manos de Alfonso VI, a mediados del siglo XII el municipio pasó a manos cristianas, quedando incorporado al Reino de Castilla. Estuvo en manos cristianas por un breve periodo de tiempo tras la boda de Zaida, hija del emir de Sevilla, Ebn Aded, con Alfonso VI, pero al poco tiempo, el emir lo conquistó otra vez. Tras la conquista de Uclés (1174) y Cuenca (1177), ya en el reinado de Alfonso VIII, se instaló en el alcázar un torreón y una capilla. En 1137 la ciudad de Huete fue amenazada por los almorávides, y asolado su territorio, en el que se encontraba la población de Alcázar. Durante siglos estuvo ligado a la población de Huete y tras la reconquista definitiva fue repoblado según el Fuero de Huete. La importancia de Alcázar en la Alta Edad Media radicó por otro lado en ser “Medianedo” o “Medianeto” entre Huete y Uclés, es decir, en este pueblo se reunía la Asamblea popular que dirimía o resolvía en relación con los asuntos de cada uno de los citados distritos. En 1164 toda la tierra de Huete, incluyendo Alcázar, pertenecía a don Fernando de Castro. Don Manrique de Lara marchó con sus tropas sobre Huete, apoyado por el rey Alfonso VIII, a la sazón con ocho años de edad, pero Castro mató en la batalla de Garci-Naharro a Manrique de Lara. El 9 de diciembre de 1808, en plena Guerra de la Independencia, el General Castaños convocó en Alcázar una Junta General para decidir los movimientos de retirada hacia Cuenca tras la derrota de la batalla de Tudela.